在不久的将来，不论网络如何先进，政治分裂和人种差异仍然存在……一名叫代田的男子向盖佛共和国（Gaffle epublic）的外交官提出政治庇护的要求，遭到日本外交部下属的六组（谈判组）组长的反对。当六组正在和该外交官交涉时，九组的上校从天而降，击毙了外交官。实际上这是帮的六组的忙。因为代田是外交部的一项名为2501计划的主要设计者，而该计划现在出了问题，六组自然不会放他到国外而泄露秘密。2501计划—即“Puppet Master”，中文称作“傀儡王”，是外交部用来消灭异己的工具。他象一个病毒，安装程序在

曾经，一位名叫奥特曼的光之战士守护了被怪兽和外星人所侵略的地球。在危机解除后，奥特曼就离开了地球，地球从此恢复了往日的平静。人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，人类看似过着和平的生活，但其实危机已经悄然接近。人类需要光之巨人帮助的时刻再次来临，所以，继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过，这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人类一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎。奥特曼的人间体早田进就是进次郎的爸爸。新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。

世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球公民的权益。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特6兄弟，全员到齐！金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了救